Au cours d'une discussion avec ses élèves, l'un d'eux lui demanda s'il mettait en pratique tous les enseignements de la Bible à la lettre. Ce à quoi le professeur répondit oui.
C'est alors que les étudiants lui rappelèrent les guérisons miraculeuses de Jésus, soulignant l'une de ses paroles : "Celui qui croit en moi fera les oeuvres que je fais, il en fera de plus grandes même". Mikao Usui ne su que répondre, et selon le code d'honneur japonais un doyen se devait de répondre à toutes les questions des élèves. Il démissionna donc et prit la décision d'élucider ce grand mystère. Ses recherches commencèrent à Chicago, elles se révélèrent infructueuses. Il retourna donc au Japon dans l'espoir de retrouver des faits nouveaux. Chaque fois qu'il exposait ses préoccupations il reçut la même réponse : - De nos jours on s'intéressait d'avantage aux guérisons spirituelles. Mais cette réponse ne lui satisfaisait pas, et il continua encore et encore. Après de nombreux échecs, il se rendit dans un monastère Zen où pour la première fois on l'encouragea à persévérer dans cette voie. Le supérieur convint avec lui qu'il devait être possible de guérir le corps physique comme l'avait fait Bouddha, mais que depuis des siècles la recherche spirituelle avait prévalu. Le prêtre déclarant que ce qui avait été fait avait été accompli à une époque, devait pouvoir l'être à une autre, il invita Mikao Usui à poursuivre ses recherches. Plein d'espoir, Mikao se plongea donc dans l'étude des Soutra en japonais, mais voyant qu'il n'arrivait à rien il se mit à l'étude du chinois en vue d'approfondir tous les textes des soutras existants dans cette langue. Là encore les résultats furent minces, mais il n'en poursuivit pas moins l'étude des soutras tibétains et donc dû apprendre le sanscrit. C'est sans doute peu de temps après qu'il fit un voyage dans le nord du Tibet. Des manuscrits tibétains découverts au siècle dernier relatent les pérégrinations de saint Isa, que plusieurs érudits ont identifié à Jésus-Christ. Personne ne peut affirmer que Mikao ait eu accès à ces documents ou à d'autres relatant des cas de guérisons. Mais il apparaît qu'après avoir accompli son étude des soutras tibétains, Usui pensait être en possession de la vérité sur les guérisons du Christ. Il lui restait maintenant à la mettre en pratique. Il rendit donc visite à son ami le prêtre Zen afin qu'il le conseille. Ensemble ils méditèrent sur le sujet et tous deux parvinrent à la conclusion que Usui devrait se rendre sur la montagne sacrée (le mont Kuri Yama), située à environ 27 Km de Kyoto, où il pratiquerait le jeûne et la méditation. Parvenu à l'endroit, face à l'orient il empila les 21 pierres qui devaient lui permettre de mesurer le temps. Parvenu à la veille du 21ème jour de jeûne, c'était la nouvelle lune, Usui chercha, à tâtons, dans l'obscurité, la dernière pierre. Rien d'inhabituel ne s'était jusqu'alors produit, et il continua à prier avec ferveur. Tout à coup, il aperçut dans le ciel le vacillement d'une lumière, il la vit fondre sur lui en grandissant à mesure. Il eu peur et eu envie de fuir, mais se ressaisissant, il parvint à se convaincre que c'était peut être la le signe qu'il attendait. Faisant face à l'imprévu, il reçu la force en plein front et crût être passé dans l'autre monde. Il vit alors des millions de bulles multicolores danser devant ses yeux, elles devinrent bientôt translucides, et il s'aperçut que chacune d'elles renfermaient un caractère sanscrit de couleur dorée et en 3 dimensions. Ils lui apparaissaient un à un, ce qui lui permettait de les enregistrer dans sa mémoire. Usui fut envahi d'un sentiment de gratitude. Il fut saisit d'étonnement en reprenant conscience, et impatient de partager son expérience avec son ami le moine, il dévala la montagne. Son corps lui sembla plus robuste, chose surprenante après 21 jours de jeûne. C'était le 1er miracle de la journée. Dans sa précipitation il trébucha sur une pierre et se blessa l'orteil. Voulant le masser pour calmer la douleur, il s'aperçut qu'en quelques instants l'épanchement de sang avait cessé et que la blessure se refermait rapidement. Après d'autres aventures qui lui prouvèrent l'énergie guérissante qui était née en lui, il arriva au monastère où le supérieur souffrait d'une crise de rhumatisme. Mikao se mit à lui raconter son aventure ce faisant il lui imposa les mains sur les parties douloureuses et rapidement la douleur disparût, ce qui stupéfia le prêtre. Usui lui demanda conseil quant à l'utilisation de son nouveau don, et le prêtre l'encouragea à poursuivre sa méditation. Après mûre réflexion, il décida de se rendre dans le quartier déshérité de Kyoto pour y soigner les mendiants. Il se mit à l'œuvre dans le but de permettre à ces gens d'acquérir une nouvelle place dans la société. Mais qu'elle ne fut pas sa surprise quand 7 ans après, poursuivant sa tâche, il reconnut des visages familiers, qui ne se satisfaisaient pas de leur nouvelle vie. Plein de désespoir Usui se demanda quelle était son erreur et il comprit qu'il n'avait pas su communiquer le sens des responsabilités. L'échange d'énergie lui apparût comme vital. Tout acte reçut exigeait une contrepartie sans laquelle la vie était dépourvue de valeur. Les symboles reçus prirent tout leur sens, ceux-ci devaient lui permettre d'harmoniser les individus pour leur permettre d'assumer la responsabilité de leur bien-être. En les aidant à accroître leur énergie, il leur serait possible de franchir un grand pas vers la maîtrise de soi.
Quand Mikao Usui eut affiné et perfectionné sa méthode, il forma ensuite de jeunes disciples.
Le Dr. Usui formula les 5 principes du Reiki peu après avoir quitté les quartiers pauvres de Kyoto. Il prit conscience à cette époque de certains traits propres à la nature humaine. Il avait à l'origine entrepris d'apporter son secours aux mendiants dans l'espoir de leur fournir une planche de salut et un moyen de se réinsérer dans la société. Mais quand il s'aperçut que plusieurs échouaient dans cette voie, refusant d'assumer les responsabilités quotidiennes de la vie, un certain nombre de déductions s'imposèrent à lui. D'une part, que la participation de l'individu dans le processus de sa propre guérison est essentielle. D'autre part, qu'aucun changement durable n'est acquis dans la vie si l'individu lui-même n'en éprouve pas le désir intime ou si sa volonté de guérir ne l'incite pas à en faire la démarche. Enfin, toute tentative d'aide à autrui doit s'accompagner d'un échange d'énergie. Car il avait constaté que la guérison reçue passivement ne faisait que renforcer les schémas négatifs chez nombre d'individus. En conséquence de quoi il convenait d'exiger une contrepartie de la part du sujet traité pour assurer sa collaboration.
Historique du Dr Chujiro Hayashi
Le Dr Usui forma d'autres maîtres, dont l'un d'entre eux était le Dr Chujiro Hayashi, un officier de la marine à la retraite. Pendant plusieurs années, les deux hommes travaillèrent ensemble à l'élaboration d'un système d'enseignement et, au début des années 1920, le Dr Usui choisit le Dr Hayashi comme successeur pour transmettre la tradition du Reiki. Le Dr Hayashi fonda une clinique spécialisée en Reiki à Tokyo où il traita de nombreuses personnes, allant même au domicile de celles qui ne pouvaient pas se rendre dans sa clinique. C'est dans cette clinique qu'une américaine, d'origine japonaise, Mme Hawayo Takata, alla se faire soigner.
Historique de Mme Hawayo Takata
Elle est venue au monde en 1900 sur l'île hawaïenne de Kauai. En 1935, devenue veuve, elle essaye de s'en sortir avec ses deux filles très actives. mais prise par de graves problèmes de santé, dont une tumeur, sombra dans la dépression. S'étant fait dire qu'une intervention chirurgicale pourrait lui sauver la vie, elle entreprit les arrangements pour subir cette intervention, alors qu'elle se trouvait au Japon, en visite chez de la parenté. Le jour de l'opération, juste avant d'entrer en salle, elle entendit la voix de son défunt mari lui conseiller de ne pas subir cette intervention. Elle confia ses doutes à son médecin en lui demandant s'il n'existait pas une autre alternative pour guérir. Son médecin lui parla d'une clinique de Reiki où un membre de sa famille avait été soigné avec succès.
Mme Takata se rendit donc à cette clinique pour y être soignée, et bien que ses premières séances l'aient laissée perplexe, elle finit par se détendre et apprécia l'énergie de guérison. Surprise par la chaleur qui émanait des mains de son guérisseur, elle demanda où se cachait l'équipement électrique qui produisait une telle chaleur, avant d'être parfaitement convaincue qu'il s'agissait belle et bien de la force de l'énergie vitale. Quelques mois plus tard, elle était guérie. Très impressionnée par les effets du Reiki, elle demanda au Dr Hayashi s'il accepterait de lui enseigner la méthode pour qu'elle la rapporte à Hawaï. Dans un premier temps, il refusa, d'une part c'était une étrangère et d'autre part une femme ! Mais finalement il décida quand même de la prendre comme apprentie, et l'initia au Reiki du premier niveau, ensuite elle reçu son deuxième niveau. Madame Takata retourna à Hawaï et commença à donner régulièrement des soins et séances de Reiki. En 1938, elle fut initiée au troisième niveau, maître Reiki par le Dr Hayashi, alors qu'il lui rendait visite à Hawaï.
Peu de temps après que le Dr Hayashi fut reparti pour le Japon, Mme Takata fit un rêve inquiétant et comprit immédiatement qu'elle devait retourner le voir. A son arrivée, le Dr Hayashi, qui eu un rêve similaire, s'entretint avec elle d'une guerre possible entre la Japon et les Etat-Unis. Il s’inquiétait qu'en tant qu'ex-officier de marine, son pays ne le rappelle pour servir dans l'armée. Il prédit avec justesse l'issue de la guerre, et décida que Mme Takata lui succéderait comme grand maître. Il voulait lui transmettre toutes ses connaissances afin qu'elle perpétue la tradition Reiki. Peu de temps après leur conversation, juste avant le début de la guerre, le Dr Hayashi mourut.
Mme Takata retourna à Hawaï et continua à pratiquer le Reiki pendant la guerre. Pendant les 40 années qui suivirent, elle réussit à implanter le Reiki aux Etat-Unis, mais c'est seulement au cours de la dernière décennie de sa vie, elle était alors septuagénaire, qu'elle commença à former d'autres maîtres Reiki. A sa mort, le 11 décembre 1980, elle avait initié 22 maîtres pour répandre le Reiki à travers les Etats-Unis et l'Europe. Aucun successeur n'avait été nommé grand maître. Sa petite fille, Mme Phyllis Lei Furomoto fut choisie par plusieurs maîtres qui formèrent une alliance dont le but était de conserver la tradition Reiki.